Le Comité directeur de l‘ABSyM est dirigé par le président, assisté de quatre vice-présidents, de deux secrétaires généraux et du trésorier. Pour assurer la parité entre généralistes et spécialistes et entre néerlandophones et francophones, quatre médecins supplémentaires assistent aux réunions.
Les membres du Comité directeur peuvent compter sur des collaborateurs qui les assistent tant au niveau fédéral que dans l'une des entités régionales.